Операции, связанные с выданной зарплатой, нужно включить во второй раздел 6-НДФЛ. Отразить их нужно за период, на который приходится срок для перечисления удержанного с зарплаты налога.

Ведомство приводит такой пример. Если зарплата за июнь 2017 года фактически выплачена 30 июня, то ее нужно показать во втором разделе 6-НДФЛ за девять месяцев 2017 года. Ведь срок для перечисления НДФЛ приходится на 3 июля.
Напомним, в такой ситуации операции по начислению зарплаты, исчислению и удержанию налога надо отражать в первом разделе 6-НДФЛ за полугодие.
Аналогичное разъяснение ФНС уже давала.
Документ: Письмо ФНС России от 21.07.2017 N БС-4-11/14329@