В налоговом законодательстве есть условия, которые нужно выполнить для того, чтобы организацию не привлекли к ответственности. Так, есть следующие требования:
— нужно подать уточненку до того момента, как юрлицо узнало о том, что налоговики нашли нарушение или назначили выездную проверку;
— до подачи уточненки нужно погасить недоимку и внести пени.

При обнаружении ошибки до представления отчетности налоговый агент не может выполнить одно из перечисленных условий — подать уточненку. Этим пользуются проверяющие и штрафуют юрлиц за несвоевременное перечисление НДФЛ. Подобная позиция прослеживается из письма Минфина.
КС РФ постановил, что привлекать к ответственности налогового агента, попавшего в такую ситуацию, нельзя. Главное, чтобы несвоевременное перечисление было непреднамеренным и его причиной стало упущение, например техническая ошибка.
Ранее похожую позицию занимал Президиум ВАС РФ.
Документ: Постановление КС РФ от 06.02.2018 N 6-П