Минфин не видит препятствий для применения вычета частями в разных налоговых периодах. Такое применение не противоречит налоговому законодательству. Нужно успеть «израсходовать» вычет в течение трех лет после принятия товаров на учет.
Важно, что ведомство приводит исключения, когда так делать нельзя. Речь идет о вычете по основным средствам и оборудованию к установке.
Несмотря на то что Минфин разъяснил этот вопрос по поводу «ввозного» НДС, полагаем, вывод правомерен и для других вычетов, предусмотренных п. 2 ст. 171 НК РФ.

Документ: Письмо Минфина России от 26.01.2018 N 03-07-08/4269